Historia svenska tiden
År 1667 kom Krapperup i svensk ägo, då godset köptes av Maria Sophia De la Gardie, dotter till Jacob De la Gardie och vid endast 20 års ålder änka efter riksrådet Gustaf Gabrielsson Oxenstierna, "den rödhårige". När hon kom i besittning av godset, var det första gången detta bytte ägare genom köp. Under Maria Sophia De la Gardies ägartid upprustades huvudbyggnaden och flyglarna nybyggdes, varigenom anläggningen förändrades till ett barockslott. Under skånska kriget bodde Karl XI på Krapperup ett par månader. De svåra ofredsåren under 1600-talets sista del medförde stora ekonomiska problem för grevinnan De la Gardie. Hon dog fattig 1694 och Krapperup ärvdes då av de två döttrarna och svärsönerna Christoffer Gyllenstierna och Gustaf Banér. Dessa sålde 1702 godset till köpmannen och kammarherren Henrik Jacob Hildebrand, som var en av sin tids förmögnaste. Henrik Jacob Hildebrand och hans ättlingar bebodde aldrig slottet, och det kom att förfalla.
1734 såldes Krapperup till de båda bröderna Petter Gotthard och Johan Henrich von Kochen, av vilka den senare var gift med en fröken Hildebrand. Den yngre brodern Petter Gotthard blev den som bosatte sig på Krapperup. Han löste ut sin bror och blev ensam ägare till godset 1755 och samtidigt gjorde han det till fideikommiss. Slottets nuvarande utseende härrör i huvudsak från 1750-60, då Petter Gotthard von Kochen lät göra en omfattande renovering.
När han avlidit på Krapperup 1764 ogift och utan bröstarvingar, efterträddes han av brorsonen friherre Christoffer von Kochen. Bägge dennes söner dog före fadern och dottern Eleonora Antoinette Florentina, som var gift med friherre Carl Christoffer Gyllenstierna af Lundholm, förde 1809 Krapperup åter till släkten Gyllenstierna, i vars ägo det sedan stannade kvar till 1967. Den siste fideikommissarien Gustaf Gyllenstierna överlät då borgen och godset, som omfattar ca 1.850 hektar, till Gyllenstiernska Krapperupsstiftelsen, vars målsättning är humanitärt arbete och forskning.